Shoko, une jeune lycéenne, est sans nouvelle de sa grande sœur Kyoko depuis que cette dernière est devenue boursière de la fondation Grad. Elle décide de partir à sa recherche et va tenter de parler à Saori Kido lors de sa venue dans son lycée. C'est aussi le moment que choisit la déesse de la discorde, Éris, pour s'emparer de l'enveloppe charnelle de Shoko. Kyoko apparaît alors pour sauver sa sœur, lui révélant qu'elle fait partie d'un corps secret de guerrières dévouées à la déesse Athéna : les Saintia.

Aya Asagiri est une jeune fille persécutée aussi bien à son école qu'à sa propre maison. Alors qu'un jour, elle songeait à se suicider, une page d'un mystérieux site internet, Mahou Shoujo Site, s'est ouverte sur son ordinateur lui révélant qu'elle va être une Magical Girl !

Depuis la mort de sa femme, un jeune enseignant s’occupe seul de sa petite fille, Tsumugi. N’étant pas un adepte de la cuisine, il se contente bien souvent d’acheter des plats cuisinés au supermarché du coin. Jusqu’au jour où, dans un restaurant, il croise une de ses élèves. Surpris, il apprend que sa mère tient le commerce. Il va alors apprendre à cuisiner de bons petits plats…

L’histoire nous entraîne dans le quotidien de 9 adolescentes très différentes du lycée Ura no Hoshi qui décident de former un groupe de musiques pour faire connaitre leur établissement

Nous suivons le quotidien de la lycéenne Momo avec ses cinq autres amies, qui travaillent pour Tsukikage, une agence de renseignement ayant pour but de maintenir la paix dans la ville Sorasaki.